11-20话
第11话：命运二人
胜利条件：
1. 击坠盐基多多
2. 击坠保卫战士
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 西蒙，渡中任意一位遭到击坠
敌方配置：梅兹*14，盐基多多
敌方增援：保卫战士，量产型地狱直升机*3，量产型盖佩轮坦克*6
SR获得条件：3回合内击坠其他敌人，再击坠盐基多多
要点：敌机数量很多，要在削减敌人数量的同时也将盐基多多的HP削减下来，推荐用闪躲高的机体冲入敌群利用反击打倒敌机，在打倒其他杂兵后立即打倒盐基多多就可以得到SR。随后出现敌方增援，龙神丸会得到新武器，维拉尔也会坐上红莲螺岩变成副机师，击坠保卫战士即可过关。
第12话：灵光战士，翔空
胜利条件：击坠毕亚雷斯
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 翔遭到击坠
3. 翔，玛蓓儿遭到击坠
敌方配置：毕亚雷斯，量产型地狱直升机*10，德拉姆洛*8
我方增援：丹拜因（玛蓓儿），比尔拜因（翔）
SR获得条件：通关前，我方任意机体ExC达到5以上
要点：只要用一架机体击倒5架敌机就可以达成SR条件，同时如果有机体装备跟ExC有关的强化零件会更快获得这个SR。随后翔会和玛蓓儿交换坐上各自的机体，并和毕亚雷斯移动位置，让大部队清理杂兵后往此处靠拢，帮助打倒毕亚雷斯即可过关。
第13话：娜狄亚的出走
胜利条件：
1. 全灭敌人
2. 到达第3回合
3. 击坠空中战舰
4. 到达第7回合
失败条件：
1. 我方任意单位遭到击坠
2. 我方战舰遭到击坠
3. 葛兰蒂斯遭到击坠
敌方配置：加拉巴3号*8
敌方增援：空中战舰，GWARDIA*16
我方增援：新鹦鹉螺号
SR获得条件：6回合内全灭敌人并击坠空中战舰
要点：一开始我方只有捷尔嘉德和葛兰坦克，让捷尔嘉德往前冲，可以很轻松地清理掉所有敌机，随后敌我双方增援出现。使用有“专注”精神的机体往战舰靠近，顺便清理杂兵。要获得SR的回合数很紧，最好在新鹦鹉螺号出现时我方已有机体在空中战舰附近，并且已经削减过HP，在第7回合前击坠空中战舰就可以得到SR和过关。
路线分支
接下来是游戏第一次的分歧剧情，分为：
（A） 多恶达讨伐小组，超级系路线
（B） 玛娜之国调查小组：真实系路线
这里选择了B路线。
第14话（B）：确认目标
胜利条件：全灭敌人
失败条件：
1. 我方任意单位遭到击坠
2. 我方战舰遭到击坠
3. 青叶，迪奥，贝尔利中任意一位遭到击坠
4. 希洛遭到击坠
敌方配置：沙贝特*3，KUGEL*4，GWARDIA（玛格丽塔）
敌方增援：沙贝特*6，KUGEL*6，ALSIEL
我方增援：飞翼高达-零式
SR获得条件：6回合内通过关卡
要点：又是一关SR有回合限制的关卡，而一开始我方只有托尔吉斯III和陶拉斯两架机体，需要使用精神来减少伤害，并往前冲，靠反击敌机来帮助SR的获取。我方大部队出现后要迅速前进，并且平均削减敌机的HP，而希洛也可以使用“突击”来帮助清理杂兵。全灭敌人后即可过关和获得SR。
第15话（B）：单翼的两人
胜利条件：全灭敌人
失败条件：
我方战舰遭到击坠
青叶遭到击坠
敌方配置：卡多西*3，沙贝特*3，KUGEL*6，NEBIROS，FORTUNA
敌方增援：神龙高达，ALSIEL*1，沙贝特*6，KUGEL*3
我方增援：神龙高达*1（击败后加入）
SR获得条件：在3回合内的同一回合中，同时击坠NEBIROS跟FORTUNA
要点：要获得本关的SR需要在同一回合打倒两架Boss机，路上的杂兵就先不要管，在3回合内往目标靠近，击坠两架机体后获得SR，记得要在同一回合内击坠，之后就可以随意打了。击败神龙高达后张五飞加入我方，全灭敌人后即可过关。
第16话（B）：战场重逢
胜利条件：全灭敌人
失败条件：
1.我方任意单位遭到击坠
2.Pyrethroid侵入城镇
3.我方战舰遭到击坠
4.捷多，贝尔利中任意一位遭到击坠
敌方配置：Pyrethroid*9，沙贝特*4，GWARDIA*2
敌方增援：GWARDIA S（多尔杰夫），丘贝雷MK-II，GWARDIA*2，沙贝特*4，Pyrethroid*7
我方增援：高达Z，百式，高达MK-II，Re-GZ（BWS）丘贝雷MK-II（击败后加入）
SR获得条件：3回合内全灭Pyrethroid
要点：一开始我方的高达3人组往左边走并清掉距离远的Pyrethroid，但不要离防卫线太远，而往右边的Pyrethroid不需要担心，第2回合我方增援的位置正好就在附近。3回合内全灭Pyrethroid可以获得SR。随后敌我双方增援登场，注意失败条件还是没有改变，因此还是优先打倒Pyrethroid，随后再解决其他敌机。击败普露后会加入我方。全灭敌人后即可过关。本关结束后进入共通路线。
第17话：沉眠的魔王
胜利条件：
1. 击坠骷髅蝙蝠，或是使其撤退，骷髅蝙蝠在遭受1以上的损伤时便会撤退。
2. 全灭敌人
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 战舰以外的我方单位全灭
敌方配置：量产型地狱直升机*5，量产型盖佩轮坦克*5，骷髅蝙蝠*1
敌方增援：
1. 弗洛玛吉*3，T盖尔5656*3，包兹*3，忍者*3，烧麦号
2. 莫德雷德，桑德兰-齐格
我方增援：兰斯洛特-亚彼恩，红莲圣天八极式
SR获得条件：在骷髅蝙蝠HP100%的状态下，只战斗一次便击坠骷髅蝙蝠。骷髅蝙蝠在遭受1以上的损伤时便会撤退
要点：本关战舰不能移动，而SR难度也不低，建议出击前适当改造机体，推荐使用泰坦3，并让强力的机体学会支援攻击来应对这关。先清理杂兵提升气力，打之前记得上好精神和额外行动粉碎猛击，分析也给对方上好，并记得保存。注意Boss攻击时选择防御或闪避，不要选择攻击。达成条件后获得SR，随后敌方增援出现。之后双方各自会在右上角出现增援。全灭敌人后即可过关。
第18话：觉醒的决心
胜利条件：
1. 击坠桑德兰-齐格和莫德雷德
2. 击坠骷髅蝙蝠
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 战舰以外的我方单位全灭
3. 鲁路修遭到击坠
敌方配置：莫德雷德，桑德兰-齐格，量产型地狱直升机*5，量产型盖佩轮坦克*5
敌方增援：骷髅蝙蝠，量产型盖佩轮坦克*12
我方增援：海市蜃楼，莫德雷德，桑德兰-齐格，兰斯洛特-开拓者
SR获得条件：4回合内以同一个驾驶击坠桑德兰-齐格和莫德雷德，不须在同一个回合
要点：这样的SR条件已经不是第一次出现了，我方部队前压后快速削减两个BOSS体力，然后记得让同一个驾驶员收人头就可以了，注意时间限制。然后鲁路修一行会作为我方增援登场，包括刚击坠的莫德雷德和桑德兰-齐格，而敌方也出现骷髅蝙蝠和增援，击坠骷髅蝙蝠就可以过关。
第19话：诀别
胜利条件：
1. 全灭敌人
2. 在第7回合结束前，让新鹦鹉螺号和Cygnus到达地图边缘
失败条件：
1. Cygnus遭到击坠
2. 到达第8回合
敌方配置：沙贝特*3，卡多西*3，KUGEL*3，Pyrethroid*8
敌方增援：沙贝特*8，GWARDIA*8，空中战舰*2
我方增援：捷尔嘉德，海市蜃楼，兰斯洛特-亚彼恩，Villkiss，Arquebus 凡妮莎特装型
SR获得条件：第3回合我方行动阶段内全灭敌人
要点：大部队往前冲，但战舰只前进一次就好，将满血的敌机打到残血，然后通过反击消减数量，第3回合我方行动阶段时全灭敌机后就可以得到SR。随后敌我双方增援出现，大部队掩护战舰前进，顺便能打倒多少敌人就打倒多少，两艘战舰在4个回合内到达地图边缘即可过关，记得利用好精神“加速”和推进冲刺。
第20话：宇宙与大地
胜利条件：
1. 击坠马克刀（面具）
2. 将沙萨比的HP降到10000以下
失败条件：
1. 我方战舰遭到击坠
2. 贝尔利，捷多中任意一位遭到击坠
3. 面具，卡尔贝斯中任意一位遭到击坠
敌方配置：马克刀*3，卡多西*8，马克刀（面具），马克刀（芭拉拉）
敌方增援：
1. 杰钢*6
2. 莫兰*7，莫兰（林格）
3. 莫兰*4，沙扎比
我方增援：马克刀（面具），高达ZZ，杰钢（卡尔贝斯）
SR获得条件：在3回合内的同一回合中，以同一驾驶击坠马克刀（面具）和马克刀（芭拉拉），另外击坠顺序为芭拉拉，然后再击坠面具。
要点：SR获得方法有二种，一是给我方一台主力机体积攒ExC，然后通过多重行动达成条件，记得注意击坠顺序；二是由于两台马克刀的攻击对象都是G-Self，所以在我方回合削减他们的血量以后在对方回合使用反击也可以达成。获得SR后出现第三方势力，没打完的第一轮敌人会撤退，捷多会换乘高达ZZ，并且和面具暂时休战。将沙扎比的HP降到10000后即可过关。想要击坠他的话推荐使用泰坦3，先把莎萨比的HP降到10000到12000左右，然后用泰坦3的日轮攻击配合粉碎猛击和支援攻击即可。